O Centro possui três aquários na sala de exposição com cerca de 4200 litros de água salgada, inteiramente dedicados às faunas marinhas da Ria Formosa com o Apalpário ( aquário interativo representante do ecossistema intermareal)  e o Aquário submareal, e à fauna marinha tropical (Aquário Tropical). Possui ainda um aquário de água doce utilizado para ilustrar o processo da aquaponia.

Com cerca de 60 km de extensão, a Ria Formosa é um sistema lagunar delimitado por Ilhas Barreira, situado na costa sul Algarvia entre a Península do Ancão e a Península de Cacela. Este sistema lagunar é um dos sistemas mais produtivos do planeta, tendo como principais produtores primários as Ervas Marinhas.

As Ervas Marinhas são capazes de formar grandes extensões de pradarias marinhas, dando assim uma grande importância social e económica devido a todos os serviços ecossistémicos (maternidade, criação de habitats e refúgios, provisionamento de matérias primas e alimento, sequestro de carbono, purificação da água, proteção costeira, educação, investigação, turismo, lazer, etc) que proporcionam a toda a população em geral e não só aos que tiram partido direto da Ria Formosa.

Apalpário - Intermareal da Ria Formosa

O Apalpário é um aquário interativo que representa o ambiente intermareal (zona entre marés) da Ria Formosa.

Este aquário reúne seres vivos dos mais variados grupos, desde as algas: Alface-do-Mar (Ulva lactuca), Caulerpa (Caulerpa prolifera) e o Codium (Codium tomentosum), aos principais grupos de invertebrados tais como os Cnidários: Anémona-do-mar (Anemonia viridis), Morango-do-mar (Actinia fragacea); Anelídeos: Espirógrafo (Sabella spallanzani); Artrópodes: Camarão-das-poças-comum (Paleomon serratus), Caranguejo-verde (Carcinus maenas), Caranguejo-das-rochas (Pachygrapsus marmoratus), Caranguejos-eremita (Clibanarius erythopus e Diogenes pugilator); Moluscos: Buzia (Hexaplex trunculus), Burrié (Gibulla sp.); Equinodermes: Ouriço-do-mar (Paracentrotus lividus), Pepino-do-mar (Holothuria arguinensis) e Estrelas-do-mar (Coscinasterias tenuispina), até aos cordados, representados pelos urocordados: ascídias (Microcosmos squamiger e styela plicata) e por vertebrados (peixes: Blénio pavão (Salaria pavo), Góbio-da-areia (Pomatochistus minutus) Caboz-da-rocha (Gobius paganellus) e o Charroco (Halobatrachus didactylus).

Aos visitantes é dada a possibilidade de estar ainda mais perto dos organismos expostos, podendo-se observar e até mesmo tocar nos animais.

Aquário Inframareal da Ria Formosa

O aquário inframareal da Ria Formosa é inteiramente dedicado à fauna e flora da ria. Tem como objetivo dar a conhecer os organismos presentes na zona que fica permanentemente submersa, dando especial atenção às populações de cavalos-marinhos e ao seu principal habitat (pradarias marinhas), de forma a incentivar o estudo e a conservação das espécies.

Neste aquário podem-se observar algumas espécies de peixes como o carismático Cavalo-Marinho-de-Focinho-Curto (Hippocampus hippocampus) e Cavalo-Marinho-de-Focinho-Comprido (Hippocampus guttulatus), o Linguado (Solea senegalensis), o Blénio-pavão (Salaria pavo) e o Caboz (Gobius paganellus), algumas espécies de crustáceos como o Camarão-das-poças-comum (Palaemon serratus) e o Caranguejo-eremita (Clibanarius erythopus), moluscos como os Chocos (Sepia officinalis) e Búzios (Hexaplex trunculus) e também equinodermes tais como as Estrelas-do-Mar (Astropecten sp.), Pepinos-do-Mar (Holothuria arguinensis) e Ouriços-do-Mar (Paracentrotus lividus). Podem-se ainda observar algumas ervas marinhas (Zostera sp.) e algas (Codium tomentosum).

Aquário Tropical

As águas quentes e límpidas das regiões tropicais são ecossistemas de imensa beleza, ostentando uma variedade de cores e riqueza biológica e onde se destacam os recifes de coral.

Os corais são animais que podem viver tanto individualmente como em colónias e que se associam a algas unicelulares (zooxantelas) para realizar fotossíntese.

Os recifes de coral são a base dos ecossistemas tropicais que, para além da produção de oxigénio através da fotossíntese, servem de alimento e de abrigo a peixes e invertebrados.

O CCVAlg possui um aquário inteiramente dedicado à fauna marinha tropical, onde se podem observar corais (Sarcophyton sp., Zoanthus sp., Sinularia polydactyla, Sinularia dura e Rhodactis indosinensis), a anémona (Entacmaea quadricolor), o ouriço-do-mar (Echinotrix calamaris), o peixe-unicórnio (Naso vlamingii), os peixes-cirurgião (Acanthurus sohal, Zebrasoma flavescens, Z. xanthurum, Paracanthurus hepatus), os peixes-palhaço (Amphiprion ocellaris e A. frenatus) e a donzela (Chrysiptera parasema).

Aquário de água doce - Aquaponia

A aquaponia é um método sustentável de criação de peixes e vegetais. É uma forma de agricultura que combina a criação de peixes em tanques (recirculação de aquacultura) com cultura de plantas sem solo (hidroponia). 

O aquário de água doce do CCVAlg  recebe peixes modelos para a investigação científica. Atualmente, pode-se observar peixes zebra (Danio rerio).